La “Platea” del Santuario, risalente al 1600, parla di tre festività annuali in onore di San Michele: 8 maggio, anniversario della prima apparizione a seguito del cosiddetto “prodigio del toro”; 29 settembre, anniversario della vittoria dei Sipontini sui Napoletani e anche della terza apparizione nella quale San Michele invitò tutti ad entrare nella grotta da lui già consacrata.
Per quest'ultima vicenda, negli antichi calendari anteriori al Concilio Vaticano II la giornata era chiamata “Festa della Dedicazione di San Michele Arcangelo”.
16 ottobre, commemorazione della nascita dell'altro celebre Santuario micaelico in Occidente, quello sul monte Tombe in Normandia.
Le prime due feste un tempo consistevano specialmente in fiere sontuose di animali, prodotti agricoli ed enogastronomici e costituivano il trionfo dell'artigianato degli abitanti. Quella dell'8 maggio è sostanzialmente la vera festa patronale poichè effettivo inizio del fenomeno micaelico sul Gargano e data di nascita della città stessa.
Ma poichè, data la stagione primaverile, era anche la più affollata delle due ricorrenze, verso la fine del XIX secolo si cominciò a preferirle la data di settembre.
La sera della vigilia, 28 settembre, il Sindaco e le autorità civili e militari si recano in forma solenne alla Basilica e offrono simbolicamente la cera (un tempo elemento insostituibile per illuminare il tempio) e i prodotti della terra, professandosi con questo gesto altamente simbolico sudditi del Celeste Principe al quale devono continua ed efficace protezione e la stessa nascita del centro abitato.
Una cerimonia che coinvolge la città intera e viene evocata e ricordata con commossa riconoscenza anche dai nativi che risiedono altrove.
Il clou delle manifestazioni è la processione del santo del 29 settembre.
A causa della pregevole fragilità del capolavoro marmoreo realizzato dal Sansovino, già dall'inizio del XX secolo, è portata in processione tra i vicoli del centro una reliquia del santo, ovvero la sacra spada d'oro prelevata dalla statua nella grotta; l'Arcidiacono del Capitolo la reca alta con la destra avvolta in un guanto di porpora sotto un ampio e pesante baldacchino sorretto con devozione e perfetto sincronismo dai pellegrini.
Solo nel 1982 i monaci Benedettini fecero scolpire una copia in legno della statua del Sansovino e la recarono in processione, affiancandola alla spada.
E mentre la spada d'oro torna infine tra le mani dell'arcangelo, i fuochi pirotecnici illuminano e disegnano i versanti della montagna.